保函延期申请审核通过后，新的有效期开始计算的时间通常有以下几种情况：
按约定的特定日期开始：申请人和受益人在申请延期时明确约定了新的有效期起始日期，比如双方协商确定从原有效期届满后的次日开始计算新的有效期。以工程履约保函为例，如果原保函有效期到 2025 年 5 月 31 日，双方协商延期后约定新的有效期从 2025 年 6 月 1 日开始。
从原有效期届满日顺延：即新的有效期紧接着原有效期结束的时间开始。如投标保函原有效期到 2025 年 3 月 31 日，延期申请获批后，新有效期从 2025 年 4 月 1 日开始。
根据特定事件发生时间确定：如果保函延期与特定事件相关，那么新有效期可能从该特定事件发生之日起算。例如工程履约保函，因工程延期，约定新有效期从工程实际竣工验收合格之日起计算；预付款保函可能约定自预付款再次支付或满足一定的使用进度条件后开始计算新的有效期。
按合同履行进度确定：若保函与合同履行进度紧密相关，可能根据合同的阶段性履行情况来确定新有效期的起始时间。比如分期交付货物的合同履约保函，在原保函有效期内需延长时，可能约定自某一期货物交付并验收合格后，对应开启新的保函有效期阶段。
预付款保函
结合预付款使用情况：重点说明预付款的使用进度与项目实际进展的匹配情况，若预付款尚未完全使用且项目需要延期，要解释清楚剩余预付款在延期期间的使用计划。
考虑扣回安排：明确在保函延期期间预付款的扣回计划和方式，确保预付款的和合理扣回，让担保机构了解不会因延期而增加预付款无法扣回的风险。
财务数据支持：可能需要提供相关财务报表等数据，证明申请人有能力在延期期间合理使用预付款并履行相应义务，保证项目按计划推进。
关税保函
关注海关政策：及时了解海关关于关税缴纳、保函使用等方面的政策法规变化，确保保函延期申请符合政策要求，避免因政策不符导致申请不通过。
与海关沟通协调：提前与海关相关部门进行沟通，说明延期原因和预计的延期期限，了解海关对于该保函延期的具体要求和审批流程，按照海关的指导准备和提交申请材料。
提供贸易情况说明：详细提供与保函相关的贸易业务情况说明，包括货物进出口情况、贸易合同执行情况等，以证明关税保函延期与实际贸易业务需求相符。
行业惯例和操作规范
国际惯例：在国际贸易等领域，《见索即付保函统一规则》（URDG758）等国际规则明确要求银行保函必须规定一个失效日期，以便于各方操作和风险管控，遵循国际惯例有助于保障交易的稳定性和可预期性。
国内实践：国内银行和担保机构在开具履约保函时，也通常会明确约定有效期，一般会根据合同履行期限、项目特点等因素确定一个合理的期限，如合同约定的工程竣工验收合格之日后 30 天至 180 天等。