中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
开拓进取引领心血管诊疗技术发展
建院初期，阜外医院开展了胸廓成形术、肺切除术、食管癌切除术以及低温直视与体外循环心脏直视手术，填补了我国技术空白。二十世纪七八十年代，开展了我国例室壁瘤切除术、冠状动脉搭桥术和人工生物瓣置换术等新技术，奠定了“阜外”在胸心血管外科领域的地位。改革开放以来，医院陆续开展国内例急性心肌梗死冠状动脉内溶栓、Bentall术、大动脉调转术、急性心肌梗死及并发心源性休克的直接PCI、冠状动脉支架置入术（裸支架）、不停跳非体外搭桥术、杂交冠状动脉血运重建术，国际例大动脉双根部调转术、杂交技术新生儿室间隔完整型肺动脉瓣闭锁等诸多新技术。
为加快疑难重症心血管疾病救治难题破解，阜外医院始终坚持探索新技术，示范引领国内外临床诊疗新实践。2023年共开展26项新技术、新项目。包括单纯超声引导下完全可降解封堵器介入房间隔缺损、左心耳脉冲消融封堵系统用于非瓣膜性房颤患者的、CorVard 4.0介入式心室辅助系统高危PCI技术临床应用等国内首创、国际的医疗攻关技术。此外，结合临床诊疗能力提升规划，医院着力于构建心血管急症患者多学科一体化急救体系、心血管病人群呼吸睡眠平台管理体系、新生儿及儿童先心病围术期肺功能量化评价及救治体系，升级围手术期麻醉、心脏外科手术及术后恢复各环节诊疗水平与技术设备，为相关疾病患者构建有效的临床路径，提高诊疗水平和效率，促进患者术后康复。
加强心血管防治新体系建设
阜外医院始终以“心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”“国家基层高血压管理防治管理项目”“三高（高血压、高血糖、高脂血症）共管项目”“中国居民心血管病及其危险因素监测项目”四大国家项目为媒介，提升基层卫生服务能力。
心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目自2014年启动，十年间累计筛查社区居民超过524.7万人次，检出心血管病高危对象146.4万人，并完成风险监测干预随访465.7万人次。
完善心血管病专业医疗质量控制体系
自2009年起，阜外医院受国家卫生健康委的委托，先后成立5个质控中心，分别是国家心律失常介入技术医疗质控中心、国家心血管系统疾病医疗质控中心、国家心脏移植技术医疗质控中心、国家结构性心脏病介入技术医疗质控中心、国家外周血管介入技术医疗质控中心，各质控中心共下设17个亚专业组，承担全国心血管病专业医疗质量管理和控制工作。截至2023年，心血管病相关专业质控中心实现省级质控工作全覆盖，并延伸到63.1%的地市，“国家、省、市、县”四级质控工作网络不断完善；组织制订《心血管系统疾病医疗质量控制指标（2021年版）》，包含11个病种和技术105项质控指标，并由国家卫生健康委发布；连续9年参与编写国家卫生健康委年度《国家医疗服务与质量报告》，连续3年组织编写并发布年度《国家医疗服务与质量报告——心血管病专业分册》，并首次发布省级质控报告；提出心血管病相关专业国家医疗质量改进目标，组织开展医疗质量改进行动，包括制定、发布、解读规范化诊疗流程和标准，开展多层次专业能力提升和质控培训，针对关键质量问题开展专题调研，定期反馈质控信息，指导省级质控组织开展质控工作。推动我国心血管病相关专业医疗质量持续改善。